La situación climática de la región colaboró para que prolifere vegetación acuática en la Cuenca, cuya manifestación es que el río se vea de color verde.
El Comité de cuenca del Río Luján advierte a los ciudadanos sobre la aparición de lentejitas de agua (lemna sp.) en algunos tramos del río. Esta se produce a partir de la acumulación de nutrientes en el curso de agua, provocando que el ecosistema tenga dificultad para la absorción y dilución de los mismos.
Es importante destacar que esta vegetación tiene mayor desarrollo entre los meses de diciembre y marzo, suelen crecer en los arroyos afluentes y desplazarse a causa del viento o la corriente de agua hasta llegar al río.
Se estima que para los próximos meses la situación climática de sequía que atraviesa la Provincia podría favorecer que se produzcan nuevos episodios de proliferación vegetal. Esta situación, a su vez, podría acarrear eventos de mortandad de peces por la falta de oxígeno en el agua.